Seguramente les ha sucedido que han modificado los permisos de los directorios y ficheros en un momento desesperado para poder modificar algo.
Por defecto los permisos que deben tener los archivos de nuestra web es en directorios 755 y en los archivos 644, si esto no es así les recomiendo que los modifiquen.
Para ello debemos ir al directorio raíz de nuestra web, el cual puede ser public_html dependiendo del hosting que estemos usando.
Para poder asignarlos de forma masiva a todos podemos ejecutar los siguientes comandos los cuales he dividido en directorios y archivos.
Directorios:
find . -type d -exec chmod 755 {} \;
Archivos:
find . -type f -exec chmod 644 {} \;
Una vez ejecutados ya tendrán los permisos nuevamente de la forma correcta brindándonos protección a nuestra web.